공문서로 보아 3년을 적용하는 구조가 아님. 「공공기록물 관리에 관한 법률」 제3조제2호는 기록물을 「공공기관이 업무와 관련하여 생산하거나 접수한」 자료로 정의하고 있음. 수탁기관이 사업을 집행하며 만든 영수증과 지출결의서는 그 기관이 만든 것이므로, 지방자치단체가 접수하지 아니한 이상 이 법의 기록물이 아님.
그러나 보관 의무 자체가 없는 것은 아님. 「국세기본법」 제85조의3제2항은 장부와 증거서류를 「법정신고기한이 지난 날부터 5년간」 보존하도록 하고 있고, 협약과 정산 지침도 보관 기간을 정하는 것이 보통임. 「공문서가 아니니 파기해도 된다」는 논리는 성립하지 아니함.
국세기본법 제85조의3
협약의 보관 조항
기록물의 정의
「공공기록물 관리에 관한 법률」 제3조(정의) (2024. 5. 17. 시행) - 발췌
1. “공공기관”이란 국가기관, 지방자치단체, 그 밖에 대통령령으로 정하는 기관을 말한다.
2. “기록물”이란 공공기관이 업무와 관련하여 생산하거나 접수한 문서·도서·대장·카드·도면·시청각물·전자문서 등 모든 형태의 기록정보 자료와 행정박물을 말한다.
제2호의 「생산하거나 접수한」이 기준임. 곧 지방자치단체가 제출받아 가지고 있는 문서는 기록물이 되고, 수탁기관 내부에만 있는 증빙은 이 법의 대상이 아님.
| 문서 | 공공기록물 해당 | 보존의 근거 |
|---|---|---|
| 교부 결정·협약서 | 해당 | 기록관리 기준표 |
| 제출받은 정산보고서 | 해당 | 같음 |
| 제출받은 지출 증빙 사본 | 해당 | 같음 |
| 수탁기관이 보관하는 원본 | 해당하지 아니함 | 세법과 협약 |
넷째 줄이라도 제출받은 사본이 있으면 셋째 줄로 남아 있음. 정산 때 어느 범위까지 받아 두었는지가 사후에 큰 차이를 만듦.
세법상의 보존 의무
「국세기본법」 제85조의3(장부 등의 비치와 보존) (2025. 3. 14. 시행) - 발췌
① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.
② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간) 보존하여야 한다.
수탁기관이 납세자인 이상 이 조문이 적용됨. 곧 계약이 끝났다고 하여 증빙을 파기할 수 있는 것이 아님. 5년의 기산이 법정신고기한이 지난 날부터이므로, 2024년분이라면 상당 기간이 남아 있음.
「전부 파기하였다」는 답을 받았다면 실제로 그러한지 확인할 필요가 있음. 세무 신고를 한 기관이라면 그 근거 자료를 함께 없앤 것이 되므로, 회계 담당자에게 다시 확인하면 남아 있는 경우가 있음.
협약상의 보관 의무
가장 직접적인 근거는 협약임. 위탁금의 정산과 사후 확인을 위하여 보관 기간과 인계 방법을 정해 두는 것이 통상의 방식임.
| 조항 | 내용 | 없을 때 |
|---|---|---|
| 보관 기간 | 정산 완료 후 몇 년 | 임의 파기의 여지 |
| 보관 대상 | 지출결의서·증빙·계약서·장부 | 범위를 두고 다툼 |
| 종료 시 인계 | 사본 제출 또는 원본 인계 | 이번 사안과 같은 일 |
| 열람과 제출 | 사후 감사 시의 협조 의무 | 확인할 방법이 없음 |
| 위반의 효과 | 불인정과 반납 | 강제할 수단이 없음 |
셋째 줄이 이번 사안의 예방책임. 계약이 끝나는 시점에 증빙 사본을 일괄 제출받도록 정해 두면, 뒤에 그 단체가 없어지더라도 확인할 자료가 남음.
지방자치단체의 정산 지침에 이미 보관 기간이 정해져 있는 경우도 많음. 협약이 그 지침을 따르도록 하고 있다면 그것이 곧 근거가 됨.
사후의 대응
이미 파기하였다는 답을 받은 상황이라면 남아 있는 자료로 정산을 진행하되 경위를 기록하여야 함.
| 단계 | 내용 | 남길 자료 |
|---|---|---|
| 1단계 | 보관 여부의 재확인 요청 | 공문과 회신 |
| 2단계 | 세법상 보존 의무의 안내 | 국세기본법 제85조의3 |
| 3단계 | 대체 자료의 확보 | 통장 거래 내역, 정산보고서, 전자세금계산서 조회 |
| 4단계 | 확인된 범위로 정산 진행 | 확인 범위와 한계의 기록 |
| 5단계 | 다음 협약에 보관·인계 조항 신설 | 변경 협약 |
3단계에서 전자세금계산서는 국세청에 기록이 남으므로 수탁기관을 통하여 조회한 자료를 받을 수 있음. 통장 거래 내역과 맞추면 상당 부분이 복원됨.
4단계에서 확인하지 못한 범위를 명확히 적어 두어야 함. 뒤에 감사에서 물었을 때 무엇을 어디까지 보았는지가 드러나야 하기 때문임.
실무 확인사항
| 순서 | 확인 항목 | 보는 곳 |
|---|---|---|
| 1 | 지방자치단체가 제출받은 자료가 있는가 | 정산보고서와 첨부 증빙 |
| 2 | 협약에 보관 조항이 있는가 | 협약서와 정산 지침 |
| 3 | 세법상 보존 기간이 남아 있는가 | 국세기본법 제85조의3제2항 |
| 4 | 파기 사실을 공문으로 확인하였는가 | 회신 공문 |
| 5 | 대체 자료를 확보하였는가 | 통장, 전자세금계산서 |
| 6 | 정산의 한계를 기록하였는가 | 확인 범위의 명시 |
| 7 | 다음 협약에 인계 조항을 넣을 것인가 | 종료 시 사본 제출 |
근거 · 「공공기록물 관리에 관한 법률」 제3조(2024. 5. 17. 시행), 「국세기본법」 제85조의3(2025. 3. 14. 시행). 기록물의 보존기간은 기관의 기록관리 기준표가 정하고, 수탁기관의 증빙 보관은 세법과 협약·정산 지침이 정함. 이 글의 게시 시점에 시행 중이던 조문을 인용한 것임.
인용한 조문은 법령에 있는 것을 옮긴 것이며, 「문서별 성격」·「협약의 보관 조항」·「대응의 순서」와 「검토 순서」는 연구소가 정리한 것입니다.
이 글은 특정 사안에 관한 일반적인 답변입니다. 민간위탁은 지방자치단체마다 근거 조례가 다르고, 같은 사무라도 협약서에 어떻게 적혀 있는지에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 여기의 내용을 그대로 개별 사안에 적용하기 전에 반드시 해당 지방자치단체의 조례와 협약서를 확인하시기 바랍니다.
