미리 정해져 있지 아니함. 물품을 사면서 낸 부가가치세를 집행액에서 빼는지는 그 세액을 수탁기관이 되돌려받는지에 달려 있음. 매입세액을 공제·환급받는다면 그 금액은 실제로 부담한 비용이 아니므로 집행액에서 빼고 잔액으로 처리하여야 하고, 공제받지 못한다면 부가가치세를 포함한 전액이 비용이므로 그대로 정산함.
교육용역 위탁에서는 뒤의 경우가 많음. 「부가가치세법」 제39조제1항제7호는 면세사업등에 관련된 매입세액을 공제하지 아니한다고 정하고 있고, 같은 법 시행령 제36조의 요건을 갖춘 교육 용역은 면세이기 때문임. 따라서 면세 여부를 먼저 확정한 뒤에 정산 방식을 정하여야 함.
같은 법 시행령 제36조
산출내역의 부가세 항목
정산의 기준
위탁금 정산은 수탁기관이 실제로 부담한 금액을 확인하는 절차임. 영수증에 적힌 금액이 곧 부담액인 것은 아님. 그 가운데 세무 절차를 거쳐 되돌아오는 부분이 있다면 그만큼은 부담이 아니기 때문임.
| 수탁기관의 지위 | 매입세액 10만원 | 정산 대상액 |
|---|---|---|
| 과세사업자·공제 대상 | 공제·환급으로 회수 | 90만원(공급가액) 10만원은 잔액으로 처리 |
| 면세사업 관련·불공제 | 회수되지 아니함 | 100만원(공급대가 전액) |
| 겸영·안분 대상 | 일부만 회수 | 회수되지 아니하는 부분만 가산 |
첫째 줄에서 10만원을 그대로 집행액에 넣으면 수탁기관은 같은 금액을 위탁금과 환급으로 두 번 받게 됨. 반대로 둘째 줄에서 10만원을 빼면 수탁기관이 자기 돈으로 메우게 됨. 어느 쪽도 정산의 취지에 맞지 아니함.
공제 여부의 판별
「부가가치세법」 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) 제1항 (2025. 1. 1. 시행) - 발췌
2. 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 필요적 기재사항이 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
5. 「개별소비세법」에 따른 자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액
6. 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용의 지출에 관련된 매입세액
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
8. 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액
불공제 사유가 여덟 가지로 나뉘어 있으므로 사업자등록이 있다고 하여 곧 공제되는 것이 아님. 위탁사업에서 실제로 걸리는 것은 제7호이며, 차량·기업업무추진비 관련 지출이 있으면 제5호·제6호도 함께 보아야 함.
| 호 | 내용 | 위탁사업에서의 국면 |
|---|---|---|
| 제7호 | 면세사업등 관련 매입세액 | 교육·보건·사회복지 위탁의 대부분 |
| 제5호 | 자동차의 구입·임차·유지 | 시설 차량, 프로그램 운행 차량 |
| 제6호 | 기업업무추진비 관련 지출 | 간담회비 등 비목 분류에 따라 갈림 |
| 제2호 | 세금계산서 미수취·기재 불비 | 간이영수증으로 집행한 건 |
넷째 줄은 정산 서류를 갖추는 문제와 세액 공제 문제가 겹치는 지점임. 증빙이 세금계산서가 아니면 공제가 되지 아니하므로 그 부가가치세는 실제 부담으로 남게 됨.
교육 용역의 면세 요건
「부가가치세법 시행령」 제36조(면세하는 교육 용역의 범위) 제1항 (2025. 2. 28. 시행)
법 제26조제1항제6호에 따른 교육 용역은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설 등에서 학생, 수강생, 훈련생, 교습생 또는 청강생에게 지식, 기술 등을 가르치는 것으로 한다.
1. 주무관청의 허가·인가를 받거나 주무관청에 등록·신고된 학교, 어린이집, 학원, 강습소, 훈련원, 교습소 또는 그 밖의 비영리단체
2. 「청소년활동진흥법」 제10조제1호에 따른 청소년수련시설
3. 산학협력단 4. 인증받은 사회적기업
5. 등록한 과학관 6. 등록한 박물관 및 미술관
7. 설립인가를 받은 사회적 협동조합
면세는 가르치는 행위 자체가 아니라 시설·단체의 자격에 걸려 있음. 체험원처럼 교육을 내용으로 하더라도 제1항 각 호의 어디에도 해당하지 아니하면 면세가 되지 아니함. 반대로 무도학원과 자동차운전학원은 제2항이 교육 용역에서 명시적으로 제외하고 있음.
면세이면 매출세액이 없는 대신 제39조제1항제7호에 따라 매입세액도 공제되지 아니함. 곧 물품 구입 시의 부가가치세는 되돌아오지 아니하므로 공급대가 전액을 집행액으로 정산하는 것이 실제 부담과 맞음.
산출내역의 부가세 항목
「위탁금 3억원 중 10%를 부가가치세로 잡았다」는 말은 두 가지로 읽힘. 어느 쪽인지에 따라 정산 방법이 달라지므로 산출내역서를 만들 때의 취지를 먼저 확인하여야 함.
| 성격 | 무엇을 위한 금액인가 | 정산에서의 취급 |
|---|---|---|
| 매출세액의 재원 | 수탁기관이 지방자치단체에 공급하는 용역의 세액 | 신고·납부 사실로 확인. 사업비 집행이 아님 |
| 매입세액의 재원 | 사업비를 집행하며 부담하는 세액 | 불공제분만 집행액. 공제분은 잔액 |
| 구분 없이 10% 계상 | 관행에 따라 붙인 항목 | 근거가 없어 정산 때마다 다툼 |
셋째 줄이 실제로 가장 흔함. 지침에 「부가세 10%」라고만 적혀 있고 그것이 매출 쪽인지 매입 쪽인지 정해져 있지 아니하면, 담당자가 바뀔 때마다 정산 결과가 달라짐. 산출내역서의 비목 설명에 성격을 적어 두는 것이 뒤의 분쟁을 줄이는 방법임.
사무위탁이어서 수탁기관이 지방자치단체에 용역을 공급하는 구조라면, 그 용역이 과세인지 면세인지에 따라 위탁금에 부가가치세를 더할 것인지부터 정해짐. 이 판단이 서지 아니한 채 「일단 10%를 잡는」 방식은 과세일 때에도 면세일 때에도 맞지 아니할 수 있음.
실무 확인사항
| 순서 | 확인 항목 | 보는 곳 |
|---|---|---|
| 1 | 수탁기관에 사업자등록이 있는가 | 과세·면세 사업자 구분 |
| 2 | 해당 용역이 면세 교육 용역인가 | 시행령 제36조제1항 각 호의 자격 |
| 3 | 매입세액이 불공제 사유에 드는가 | 법 제39조제1항 각 호 |
| 4 | 집행 증빙이 세금계산서인가 | 제2호의 미수취·기재 불비 |
| 5 | 환급 실적을 자료로 확인하였는가 | 부가가치세 신고서·환급 내역 |
| 6 | 산출내역의 부가세 항목의 성격이 적혀 있는가 | 비목 설명, 지침의 근거 규정 |
| 7 | 정산 기준을 협약에 적었는가 | 공제분의 반납 여부와 시기 |
다섯째 줄이 결론을 정함. 환급 실적을 확인하지 아니한 채 공제 여부를 추정하면 정산액이 틀어짐. 신고서와 환급 내역을 정산 서류의 하나로 받도록 협약에 적어 두는 것이 확실함.
근거 · 「부가가치세법」 제26조제1항제6호·제39조제1항(2025. 1. 1. 시행), 같은 법 시행령 제36조(2025. 2. 28. 시행). 면세 여부와 매입세액의 공제 여부는 개별 기관의 자격과 사실관계에 따라 달라지므로 세무서 질의나 세무대리인의 검토를 거치는 것이 안전함. 이 글의 게시 시점에 시행 중이던 조문을 인용한 것임.
인용한 조문은 법령에 있는 것을 옮긴 것이며, 「100만원 물품 구입의 처리」·「위탁사업에서 자주 문제 되는 호」·「부가세 항목의 두 가지 성격」과 「검토 순서」는 연구소가 정리한 것입니다.
이 글은 특정 사안에 관한 일반적인 답변입니다. 민간위탁은 지방자치단체마다 근거 조례가 다르고, 같은 사무라도 협약서에 어떻게 적혀 있는지에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 여기의 내용을 그대로 개별 사안에 적용하기 전에 반드시 해당 지방자치단체의 조례와 협약서를 확인하시기 바랍니다.
