아님. 「부가가치세법」 제60조는 「사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다」고 정하고 있음. 발급 의무를 지는 자가 공급자인 수탁기관이므로, 지연발급 가산세도 수탁기관의 납부세액에 더해지는 것이며 지방자치단체가 나누어 질 근거가 없음.
지방자치단체가 이를 위탁금으로 보전하려면 공금 지출의 근거가 있어야 함. 「지방재정법」 제17조제1항은 개인·법인·단체에 대한 공금 지출을 법률에 규정이 있는 경우 등으로 한정하고 있고, 산출내역에 없는 가산세를 사업비로 집행할 근거는 통상 존재하지 아니함.
지방재정법 제17조제1항
보전의 근거가 있는가
가산세의 귀속
「부가가치세법」 제60조(가산세) 제2항 (2025. 7. 1. 시행) - 발췌
사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.
1. 발급시기가 지난 후 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 발급하는 경우: 공급가액의 1퍼센트
2. 발급시기가 지난 후 그 확정신고 기한까지 발급하지 아니한 경우: 공급가액의 2퍼센트(일정한 경우 1퍼센트)
3. 전자세금계산서 발급명세를 기한이 지난 후 확정신고기한까지 전송하는 경우: 공급가액의 0.3퍼센트
4. 그 확정신고기한까지 전송하지 아니한 경우: 공급가액의 0.5퍼센트
5. 필요적 기재사항이 착오·과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우: 공급가액의 1퍼센트
조문의 주어가 「사업자」이고, 효과가 「납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다」임. 곧 가산세는 그 사업자의 세액 계산 안에서 처리되는 것이어서, 성질상 제3자가 나누어 부담할 수 있는 형태가 아님.
| 사정 | 가산세율 | 근거 |
|---|---|---|
| 확정신고 기한까지 발급 | 공급가액의 1% | 제60조제2항제1호 |
| 확정신고 기한까지 미발급 | 공급가액의 2% (일정한 경우 1%) |
제60조제2항제2호 |
| 발급은 하고 전송이 지연 | 공급가액의 0.3% | 제60조제2항제3호 |
| 발급은 하고 전송하지 아니함 | 공급가액의 0.5% | 제60조제2항제4호 |
제1호·제2호가 적용되면 제3호부터 제5호까지는 적용하지 아니함(제2항 후단). 곧 발급 자체가 늦은 경우와 전송만 늦은 경우가 겹쳐 물리지 아니하므로, 어느 단계에서 어긋났는지를 먼저 가려야 함.
보전의 근거
「지방재정법」 제17조(기부 또는 보조의 제한) 제1항 (2025. 4. 1. 시행)
지방자치단체는 그 소관에 속하는 사무와 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우와 공공기관에 지출하는 경우에만 개인 또는 법인·단체에 기부·보조, 그 밖의 공금 지출을 할 수 있다. 다만, 제4호에 따른 지출은 해당 사업에의 지출근거가 조례에 직접 규정되어 있는 경우로 한정한다.
1. 법률에 규정이 있는 경우
2. 국고 보조 재원에 의한 것으로서 국가가 지정한 경우
3. 용도가 지정된 기부금의 경우
4. 보조금을 지출하지 아니하면 사업을 수행할 수 없는 경우로서 지방자치단체가 권장하는 사업을 위하여 필요하다고 인정되는 경우
가산세는 수탁기관이 자기의 의무를 다하지 아니하여 생긴 부담임. 이를 지방자치단체가 대신 내주는 것은 제17조제1항 각 호의 어디에도 들기 어려움. 산출내역에 「가산세」 비목이 없다면 집행할 예산 자체가 없는 상태이기도 함.
| 수탁기관의 주장 | 검토 | 확인할 자료 |
|---|---|---|
| 교부 절차가 늦어 발급이 늦었다 | 공급시기는 교부일이 아니라 법 제15조~제17조로 정해짐 | 협약의 청구·지급시기 조항 |
| 담당자가 발급을 요구하지 아니하였다 | 발급 의무는 공급자에게 있음 | 법 제32조제1항, 제34조제1항 |
| 사업비에 세무 비용이 없다 | 비용 부족과 가산세 부담은 별개 | 산출내역의 비목 구성 |
| 지자체도 이익을 보았다 | 지방자치단체가 사업자가 아니면 매입세액 공제 자체가 없음 | 사업자등록 여부 |
첫째 줄은 검토할 여지가 있음. 협약이 청구시기와 지급시기를 정하고 있고 지방자치단체가 그 시기를 지키지 아니하여 발급이 늦어진 사정이 자료로 확인된다면, 그것은 가산세의 분담이 아니라 협약 이행의 문제로 다루어야 함.
지방자치단체의 지위
공급받는 자에게도 세금계산서와 관련한 가산세가 붙는 경우가 있으나, 그것은 매입세액을 공제받는 사업자를 전제로 함. 지방자치단체가 사업자로서 그 거래의 매입세액을 공제받는 구조가 아니라면 가산세가 부과될 국면 자체가 생기지 아니함.
| 지방자치단체의 지위 | 매입세액 | 지연발급의 영향 |
|---|---|---|
| 사업자가 아님 | 공제 대상 아님 | 세액상의 손실 없음 |
| 과세사업 부문의 사업자 | 공제 대상 | 공제 시기가 밀릴 수 있음 |
첫째 줄이 통상의 경우임. 세액상의 손실이 없으므로 지방자치단체가 부담을 나눌 이유가 더욱 없음. 남는 것은 교부 전에 발급 사실을 확인하지 아니한 관리상의 문제이며, 이는 가산세 부담과 다른 차원의 사안임.
재발 방지의 장치
이 문제는 교부 절차에 확인 단계를 넣어 두면 대부분 생기지 아니함. 상반기·하반기로 나누어 교부하는 구조라면 각 회차마다 같은 확인이 이루어져야 함.
| 단계 | 확인 내용 | 남길 자료 |
|---|---|---|
| 교부 요청 접수 | 청구서와 발급 예정일 | 청구 공문 |
| 지출 결의 | 발급 여부 또는 발급 예정의 확인 | 발급 내역 출력본 |
| 교부 후 | 발급일과 전송일 | 전자세금계산서 조회 화면 |
| 회차 종료 | 누락 건의 유무 | 회차별 대사표 |
넷째 줄이 인수인계와 맞물림. 회차별로 대사한 자료가 남아 있으면 담당자가 바뀌어도 누락이 드러나며, 이 사안처럼 한참 뒤에 발견되는 일을 줄일 수 있음.
협약에는 발급 시기와 미이행의 효과를 적어 두어야 함. 「세금계산서 발급을 확인한 후 교부한다」는 한 문장이 있으면 교부 절차 자체가 확인 장치가 됨.
실무 확인사항
| 순서 | 확인 항목 | 보는 곳 |
|---|---|---|
| 1 | 발급 의무자가 누구인가 | 법 제32조제1항의 공급자 |
| 2 | 어긋난 것이 발급인가 전송인가 | 법 제60조제2항 각 호의 구분 |
| 3 | 확정신고 기한을 넘겼는가 | 1%와 2%가 갈리는 기준 |
| 4 | 지방자치단체가 사업자인가 | 매입세액 공제 국면의 유무 |
| 5 | 보전의 예산 근거가 있는가 | 지방재정법 제17조제1항, 산출내역의 비목 |
| 6 | 교부 지연이 협약 위반에 해당하는가 | 청구·지급시기 조항과 실제 일자 |
| 7 | 교부 절차에 확인 단계가 있는가 | 지출 결의 서식의 점검 항목 |
근거 · 「부가가치세법」 제60조제2항(2025. 7. 1. 시행), 「지방재정법」 제17조제1항(2025. 4. 1. 시행). 제60조는 그 뒤에 개정되었으므로 다른 시점의 사안에는 그 시점의 조문을 확인하여야 함. 이 글의 게시 시점에 시행 중이던 조문을 인용한 것임.
인용한 조문은 법령에 있는 것을 옮긴 것이며, 「지연 정도에 따른 가산세」·「부담 요구가 나오는 경위」·「지위에 따른 영향」·「절차에 넣을 확인 단계」와 「검토 순서」는 연구소가 정리한 것입니다.
이 글은 특정 사안에 관한 일반적인 답변입니다. 민간위탁은 지방자치단체마다 근거 조례가 다르고, 같은 사무라도 협약서에 어떻게 적혀 있는지에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 여기의 내용을 그대로 개별 사안에 적용하기 전에 반드시 해당 지방자치단체의 조례와 협약서를 확인하시기 바랍니다.
